Kontrole w celu sprawdzenia przestrzegania przepisów o ochronie środowiska przeprowadzane są przez wyznaczone organy, takie jak Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska. Przygotowanie do kontroli obejmuje zgłoszenie inspekcji do przedsiębiorcy oraz poinformowanie o terminie (np. 7 dni wcześniej) i zakresie planowanej kontroli. Procedura może obejmować badanie wpisów do rejestru emisji, zbadanie stanu urządzeń filtrujących czy ocenę sposobu składowania odpadów. W trakcie kontroli inspektor może żądać udostępnienia dokumentacji środowiskowej, danych o ilości wytworzonych, przetworzonych i zutylizowanych odpadów, a także projektów i umów związanych z działalnością. Po zakończeniu kontroli inspektor sporządza protokół, w którym opisuje swoje ustalenia. Jeśli zostaną stwierdzone naruszenia, przedsiębiorca otrzymuje nakaz ich usunięcia oraz termin realizacji, a w niektórych przypadkach może zostać nałożona kara. Pokwitowanie i akceptacja protokołu nie oznaczają jeszcze zakończenia procesu kontroli, gdyż przedsiębiorca może się odwołać od stwierdzeń inspektora w drodze postępowania administracyjnego.
