Opłatę za zmniejszenie naturalnej retencji ponosi zarówno podmiot, który wykonywał roboty, lub obiekty budowlane, które doprowadziły do zmniejszenia retencji, jak i podmiot, który co prawda nie doprowadził do zmniejszenia retencji wskutek wykonania robót lub obiektów budowlanych, jednakże sprawuje władztwo nad nieruchomością spełniającą przesłanki do objęcia opłatą.
Urzędy sporządzają informacje i przekazują je podmiotom po upływie każdego kwartału w danym roku kalendarzowym. Wynika to z przyjęcia dla opłaty za zmniejszenie retencji kwartalnego okresu rozliczeniowego oraz powiązania rozpoczęcia biegu terminu wniesienia opłaty z datą doręczenia podmiotowi obowiązanemu do jej wnoszenia informacji ustalającej wysokość opłaty (art. 272 ust. 10 w zw. z art. 272 ust. 23 Prawa wodnego).